Struktur Organisasi LDII adalah sebagai berikut (klik pada gambar di bawah ini untuk memperbesar):

 LDII BALI

Keterangan:

  • DPP   = Dewan Pimpinan Pusat, berada di Jakarta.
  • DPW  = Dewan Pimpinan Wilayah, berada di 33 Provinsi di Indonesia.
  • DPD   = Dewan Pimpinan Daerah, berada di Kota atau Kabupaten dari tingkat DPW di atasnya.
  • PC     = Pimpinan Cabang, berada di Kecamatan dari tingkat DPD Kota/Kabupaten di atasnya.
  • PAC   = Pimpinan Anak Cabang, berada di Kelurahan dari tingkat PC di atasnya.