Struktur Organisasi LDII adalah sebagai berikut (klik pada gambar di bawah ini untuk memperbesar):

 

Keterangan:

• DPP   = Dewan Pimpinan Pusat, berada di Jakarta.
• DPW  = Dewan Pimpinan Wilayah, berada di 33 Provinsi di Indonesia.
• DPD   = Dewan Pimpinan Daerah, berada di Kota atau Kabupaten dari tingkat DPW di atasnya.
• PC     = Pimpinan Cabang, berada di Kecamatan dari tingkat DPD Kota/Kabupaten di atasnya.
• PAC   = Pimpinan Anak Cabang, berada di Kelurahan dari tingkat PC di atasnya.